两汉至隋唐是儒学发展的第二个时期，这一时期中国制度文明的建构逐步走向成熟，且与周边各民族及域外文化的交流逐步扩大。自汉代传入中国的印度佛教，此时展开与中国文化、思想、哲学、艺术、宗教的全面融合，开启其中国化的历程。

两汉经学发展，奠定儒学在以后2000多年历史长河中成长的基础。儒家学者在晚周及汉初一段时间里，将先秦各家学说融会贯通，冶于一炉。儒家吸收融合道、墨、法、阴阳诸家的思想，把宇宙观与人生观、文化与自然、人道与天道、个体与群体、内在道德自我与外在事功活动等统一起来，形成新价值系统。这些价值系统经过儒家学者的阐释和中央集权政府的提倡，成为中国人普遍遵循的个人生活及社会运行、管理的准则，对这之后的中国文化产生深远的影响。

到魏晋南北朝时，因为战争、国家分裂及佛教传入等原因，儒学地位有所下降，但其研究视野、范围比两汉有所扩大。在经学注疏方面，后来流行的十三经的注疏与诠释多出于这一时代。另一方面，儒学扩及史学方面，儒学化的正史叙述方式得以形成。

到唐代，唐初经史之学，经过南北朝时的培育，此时结下丰硕的果实。在经学方面，陆德明的《经典释文》、孔颖达等人的《五经正义》对于整个经学的发展起了重要的推动作用。除此之外，唐代儒学继续表现出一种融合的趋势，并且与文学汇合，从此在经史之学以外，儒学范围内又包进文学一门，为宋代以后儒学进入综汇期打下基础。