孔庙遍布中国及其近邻韩国、朝鲜、日本和越南各地，零星分布在印度尼西亚等国家，这些奉祀孔子庙宇人们一般称之为孔庙。其实，孔庙只是一种俗称，严格来说，它的正式名称应该是孔子庙。
孔庙是以孔子为主祀庙宇的总称，按照其性质，可以分为两类五种。
两类即礼制孔庙和非礼制孔庙，列入国家祀典的是礼制孔庙，未列入国家祀典的就是非礼制孔庙。五种即曲阜至圣庙、国立学校孔庙、书院孔庙、纪念孔庙和孔氏家庙。曲阜至圣庙、国立学校孔庙都属于礼制庙宇，孔氏家庙中的衢州南宗家庙由于国家设置了专门奉祀的翰林院五经博士，也属于礼制庙宇，尼山书院、洙泗书院、汶上圣泽书院和仪封仰圣书院既是书院孔子庙也是纪念孔庙，因为它们分别建造在孔子活动地，虽然名为书院但并不从事教育活动而只祭祀孔子，且祭祀由国家任命的学录或博士主持，所以也属于礼制孔庙。
之所以将曲阜至圣庙单独作为一种，一是因为它是世界上第一所祭祀孔子的庙宇，世界孔庙的祖庭；二是因为它的性质复杂，既是孔子纪念庙宇，也是孔氏家庙，更是列入国家祀典的礼制庙宇。
至圣庙的前身就是孔子故居。孔子故居改作孔庙的时间，古代文献和现代介绍都认为是从鲁哀公十七年（前478）开始的，其实这种说法是错误的。孔子在鲁国做过司寇，即使辞职以后，他也一再说自己“从大夫之后”，仍然保持了大夫的身份和地位，按照周礼的规定，大夫三庙，可以奉祀始祖、祖父和父亲，大力提倡周礼的孔子不可能不建造自己的家庙。孔子去世后应该奉祀在家庙内，但到孔子的孙子孔伋（字子思）去世后，曾孙孔白主祀，孔子成为曾祖已经无法奉祀在家庙内。孔子说“古者祖有功而宗有德，谓之祖宗者其庙皆不毁”（《孔子家语·庙制》，浙江人民出版社，1984年版），孔白为了奉祀有德的孔子不得不考虑如何继续奉祀孔子。
孔子去世后，弟子在孔子故居内陈列上孔子生前使用过的衣、冠、琴、车、书以资纪念，孔子故居成为世界上第一所名人纪念馆和博物馆。孔白为了奉祀孔子就将孔子故居改作了庙宇，所以司马迂说“故所居堂，弟子内，后世因庙”（《史记·孔子世家》，中华书局，1982年，第1945页），司马迁曾亲至曲阜考察过孔子故居，而且与孔子11代孙孔安国交往很多，他的话是可信的。子思卒于周威烈王二十四年（前402），孔子故居改为孔庙的时间应该在这一年或略后，但不会相距太远。
孔子故居改为庙宇后，2000多年来一直受到国家的保护，虽然在战争期间也曾遭受破坏，但都是旋坏旋修，从未废弃，成为世界上延续时间最久的庙宇，古建筑学家梁思成称其为“世界上唯一的孤例”。
曲阜孔子本庙早期称孔子庙，也称夫子庙，唐开元二十七年（739）封谥孔子为文宣王后称作文宣王庙，宋大中祥符五年（1012）改封孔子为至圣文宣王称作至圣文宣王庙，一般简称宣圣庙，清雍正七年钦定为至圣庙。
国立学校孔庙是列入国家祀典的礼制庙宇，它是孔子庙的主体，社会地位高，数量也最多，到清朝末期，全国共有各级国立学校孔子庙1740多所。
汉明帝永平二年（59），国家明令“郡、县、道行乡饮酒于学校，皆礼圣师周公、孔子，牲以犬”（《后汉书·礼仪志》，上海古籍出版社，1986年，第48页），开始在国立学校内祭祀孔子，当时以周公为先圣主祀，孔子只是以先师配享。大约到东汉中后期孔子成为国立学校的主祀，国家最高学府辟雍祭祀以孔子为主祀，并以颜子配享。三国魏以后孔子作为国立学校主祀成为制度，只在唐武德二年（619）至九年（626）和永徽（650—655）中至显庆二年（657）两段时间共10年左右以周公为主祀，孔子为先师配享，显庆二年后孔子作为国立学校主祀地位再也没有变化。
虽然至少从东汉开始国家就在国立学校内祭祀孔子，但在东晋以前并没有建造专门的祭祀庙宇，太学祭祀时“扫坛为殿，悬幕为宫，夫子位于西序，颜回侍以北墉”（《晋书·潘岳传》，上海古籍出版社，1986年，第1419页），临时在坛上张幕为庙进行祭祀。东晋太元元年（376），尚书谢石上书建议修建学校，孝武帝采纳了他的建议，“其年选公卿二千石子弟为生，增造庙屋一百五十五间”（《宋书·礼一》，上海古籍出版社，1986年，第1627页），建造了第一所国立学校孔庙。此前学者多认为北魏太和十三年（489）诏立孔子庙于京师为国立学校孔庙之始。
孔庙推向地方国立学校的时间，学者多认为始于唐贞观四年（630），也是不正确的。南朝的宋、梁和北朝的北魏都曾有地方官员自行建造了学校孔庙，但都不是国家行为，国家明令地方国立学校建造孔庙始于北齐。“后齐制：新立学，必释奠，礼先圣先师。……郡学则于坊内立孔颜庙一所”（《隋书·礼仪志》，上海古籍出版社，1986年，第3272页），将孔庙推向国立地方郡国一级的学校。唐贞观四年（630）诏州、县学校皆作孔子庙，将学校孔子庙扩大到县，孔子庙从此遍布全国各地。
国立学校奉祀孔子庙宇的名称，早期有夫子堂、宣尼庙、孔子庙、孔颜庙等不同，唐开元二十七年追谥孔子为文宣王后称文宣王庙，明代以前名称与孔子本庙相同，从明代开始学校孔子庙一律称作文庙，文庙就成为国立学校孔子庙的正式名称。
国立学校孔庙根据学校的性质可以分为国学孔庙和地方学校孔庙，而地方学校孔庙根据行政级别可以分为府学孔庙、州学孔庙和县学孔庙，明代学校改称儒学，在少数民族自治区增加军民府儒学文庙、土州儒学文庙、土县儒学文庙、宣慰司儒学文庙、宣抚司儒学文庙和长官司儒学文庙，在军队根据军队的级别设置指挥使司儒学文庙、卫儒学文庙和千户所儒学文庙，在负责制盐的盐池和盐井分别设立盐运司儒学文庙、盐池儒学文庙和盐井盐课提举司儒学文庙。清代随着行政区划的变化又增加厅学文庙和乡学文庙。
纪念孔庙可以分作两类：一类是在孔子曾经活动过的地方建造的祭祀庙宇；一类是在其他地方建造的纯粹纪念性庙宇。
纯粹纪念性的庙宇最早出现在东汉。建和三年（149）时，孔子17代孙孔畴任陈国国相，因为孔子曾向老子问礼，就在老子故里（今河南鹿邑）的老子庙侧建造了第一所孔子纪念庙宇。孔子拜会老子是在东周国都洛邑（今河南洛阳），并不是在老子故里，这所孔庙属于纯粹纪念性庙宇。
在孔子活动地建造的第一所纪念庙宇在怀州，始建年代不详。北魏延兴四年（474），太上皇献文帝曾经派人前往祭祀，并将祭文刻于碑上。孔子周游列国时，曾计划到晋国投奔赵简子，在黄河边上听说赵简子杀死了贤人窦鸣犊和舜华，物伤其类而折返卫国，这所孔子庙就是第一所在孔子活动地建造的纪念庙宇。
孔子纪念地孔庙比较多，唐代时为纪念孔子周游列国陈蔡绝粮在河南淮阳建造了孔子庙，宋代时河南永城芒砀山为纪念孔子避雨建造了夫子庙，河南夏邑县为纪念孔子造访祖居地建造了还乡祠，明代在泰山顶为纪念孔子登泰山而小天下建造了泰山孔子庙，河南长垣县满村乡学堂冈为纪念孔子周游列国时在此讲学建造了圣庙，河南上蔡县华陂乡陈蔡铺村为纪念孔子周游列国时遇雨在土台上晾晒书籍建造了孔子庙，河南上蔡县在相传孔子绝粮的土台上建造了孔厄庙，河南西平县仪封村为纪念孔子周游建造了封人见圣祠，河南襄城县化行村为纪念孔子教化建造了圣人庙。早期建造的纪念孔子庙后来大多改称书院，如西平改称仰圣书院，淮阳改称知德书院、弦歌书院，临淄改成闻韶书院等。这类孔子庙虽然改称了书院，但仍然属于纪念性质，仍应称作纪念孔子庙。
纪念孔庙除曲阜尼山书院、洙泗书院和汶上圣泽书院、仪封仰圣书院等几座孔庙列入了国家祀典外，其他均不属于礼制庙宇。虽然各地名称不一，还应该泛称为纪念孔子庙。
孔氏家庙有两类：一类是国家为流寓外地的孔子后裔建造的，一类是流寓外地的孔子后裔自己建造的。
国家为孔子后裔建造家庙始于东晋。太元十一年（386）八月庚午，“诏封孔靖之为奉圣亭侯，奉宣尼祀，立宣尼庙。在故丹阳郡城前隔路东南”（《建康实录》卷九《晋中下·烈宗孝武皇帝》，太元十年注）。太元元年国家已经在国学建造了国立学校孔庙，这座建造在建康丹阳的宣尼庙就是孔子嫡孙的家庙。西晋末年，北方少数民族入侵，晋朝王室南迁，孔子的嫡长孙也随之迁居建康。由于南迁的孔子长孙离开了祖居地，在建康没有奉祀孔子的庙宇，国家因此专门为他建造孔子庙，并拨给祭祀经费。
南北朝时，不仅南朝建造了孔氏家庙，北朝后周也曾在京师长安建造了一座孔氏家庙。大象二年（580）三月，周静帝追封孔子为邹国公，“并立后承袭，别于京师置庙，以时祭享”，以孔子三十一代孙孔长孙袭封（《周书·宣帝纪》，上海古籍出版社，1986年，第2594页）。此时北周已经建有太学露门学，大象元年静帝曾“幸露门学，行释奠之礼”，京师已经有了孔子庙，此次又“别于京师置庙”，就是为孔子嫡孙建立京师家庙。
北宋末年，金兵南下，宋王室南迁江南，孔子48代孙衍圣公孔端友也随之南渡，定居浙江衢州。为了使孔子嫡孙能够奉祀孔子，绍兴六年（1136）朝廷命将衢州州学孔子庙权作孔氏家庙，宝祐元年（1253）又在衢州东北菱塘新建孔氏家庙，这所家庙被后人称作南宗家庙。
东汉时，孔子后裔中就有人因为仕宦等原因迁出曲阜，汉末和西晋末年社会动乱，许多孔子后裔也像中原世族一样南迁江南。唐代时孔氏族人四出，西迁河南，北迁河北，南迁湖南、安徽、浙江、江西，唐末甚至南走岭南。宋以后，孔氏族人越走越远，到清末，族人已经遍及西藏以外的全国各地。流寓外地的孔氏族人不忘祖先，纷纷自建家庙奉祀。自南宋孔端躬在浙江磐安建造榉溪家庙后，河南郑州古荥和杞县孔寨、陕西商州、浙江温岭、广东潮阳和封开、番禺等地族人都建造了家庙，孔氏家庙也遍及全国。
孔氏家庙绝大多数都是族人筹资自建，自行祭祀，并没有列入国家祀典，只有衢州南宗家庙国家专门设立了一员南宗世袭翰林院五经博士主持祭祀，虽然列入了国家祀典，但它的正式名称仍为孔氏南宗家庙，所以仍属于孔氏家庙。
书院一名虽然始见于唐代，但最早建庙奉祀孔子却是出现在北宋。开宝九年（976），潭州太守朱洞在五代后期僧人智璿所创书堂的基础上创建书院。咸平二年（999），太守李允则重修，“塑先师、十哲之像，画七十二贤，华衮珠旒，缝掖章甫，毕按旧制，俨然如生。请辟水田，供春秋之释奠”，仿造国立学校制度祭祀孔子及儒门贤达。
宋元时期，书院已经流行建造孔庙。白鹿洞书院在咸平五年（1002）“塑宣圣十哲之像”（王应麟，《玉海》卷167）进行祭祀，应天府书院大中祥符二年（1009）始建时“前庙后堂”，南阳诸葛书院元至大二年（1309）初建时，武侯“祠之东为孔子庙，庙之后为学”（程钜夫《雪楼集》卷七《敕建南阳诸葛书院碑记》），都建有孔子庙。淮海书院先圣庙有棂星门、泮池及桥、戟门三间、大成殿三间、东西庑二十间等建筑，规模很大，与国立学校孔子庙相比也毫不逊色。但到明清时期，有些书院改为以奉祀本学派的代表学者为主，书院孔子庙大为减少，规模也逐渐缩小。
书院孔庙的名称早期并不统一，白鹿洞书院孔子庙曾名礼圣殿，学道学院和和靖书院孔子庙名燕居堂，相江书院孔子庙名先圣殿，白鹭洲书院孔子庙名文宣王庙，也有个别书院像国立学校孔子庙一样称作文庙。书院孔子庙没有列入国家祀典，不宜称作文庙，由于已经形成惯例，所以此处也称书院文庙。
孔子一生从事教育事业，死后也与学校结下了不解之缘，他被奉为万世师表，教育始祖，祭祀的庙宇也设在学校内。
祭祀孔子的庙宇为什么要设在学校内呢？宋代举人杜德机说得非常好：“先圣者，道之所自出，而道非学校不行，故世之州县因先圣有庙所以重道也，即庙有学，所以传道也。”（［宋］杜德机《泾阳县重修孔子庙记》，上海古籍出版社，《续修四库全书》890卷，446页）孔子的思想必须依靠学校来推行，即庙设学，就是为了更好地传播孔子思想。
孔庙位于学校内，后人多称之为因学设庙，其实孔庙的建筑等级远远高于学校，位置也比学校更重要、更突出，就实际情况来看，还不如说是因庙设学更确切一点。所以在唐代时，刘禹锡就直接将学校称之为文宣王庙，宋人记述常常也称之为“即庙设学”，依托孔子庙设立学校。
在学校内祭祀先圣先师至少是西周以来的制度，但奇怪的是，关于祭祀的庙宇位于学校的何处，与学校是什么样的布局关系，历代王朝都没有作具体规定，也很少有具体的文献记载。从实例看，主要有右庙左学、左庙右学、前庙后学和庙学分离四种布局方式。
右庙左学即孔子庙在西，学校在东，这是最早出现的布局方式，最早见于东晋国学。陈朝顾野王所撰的《舆地志》说国学“在江宁县东南二里一百步右御街东，东逼淮水，当时人呼为国子学。西有夫子堂，画夫子及十弟子像。西又有皇太子堂，南有诸生中省，门外祭酒省，二博士省，旧置博士二人”（［唐］许嵩《建康实录》卷九《晋中下·烈宗孝武皇帝》），国子学在东，太子堂在西，夫子庙在中，由于太子堂并非后世学校的必备建筑，中国最早的国家最高学府采用的是右庙左学的布局形式。
右庙左学是常见的布局方式之一，明代安溪县学、福安县学、建阳县学、兰阳县学、龙溪县学、清代海州州学、湖南岳州府学、福建泉州府学等都是这种布局。
左庙右学式即孔子庙在东，学校在西，唐代国子监最早采用了这种布局形式。《大日本史》记载说：膳大丘“景云中上言：臣前如唐，问先圣之遗风，览胶庠之余烈，国子监有两门，题曰‘文宣王庙’（［日本］德川光国《大日本史·列传·膳大丘》，116卷）。”国子监有两门，应该是国子监门与文宣王庙东西并列，《唐代长安词典》说国子监位于皇城南墙东门安上门前面路东的务本坊西北部，天宝年间增置广文馆，设在国学西北隅，与安上门相对。由此可见，学校在西，文宣王庙在东，也就是左庙右学式。
左庙右学式也是常见的布局方式之一，南宋绍兴十一年（1141），新建的新安县学“左庙右学，规制雄丽”（［宋］罗愿《新安志》），绍定二年（1229）所刻的平江图中的平州府学府学在右，文庙在左，至今苏州文庙仍然保持着这种布局形式。北京国子监也是典型的左庙右学式，太学在西，文庙在东，各自设有正门，以围墙连在一起。
前庙后学即孔子庙在前、学校在后的布局方式，早在宋代就是常见的布局方式。四明府学绍兴七年（1137）重建，兵后仅存大成殿，“前为仪门，又前为台门，后为明伦堂、稽古堂”，奉化县学南宋庆元二年（1196）重修时“直殿后作堂曰彝训，东西四斋曰养正、曰达材、曰成德、曰升俊”，鄞县县学宝庆二年（1226）重修时“直殿后为讲堂”（［宋］宝庆《四明志》），永嘉县学在宋绍定时于庙后建学，吴兴县学嘉泰五年（1205）创建时“命讲堂在大成殿后”（［宋］嘉泰《吴兴志》），景定年间的建康府学也是前庙后学，看来前庙后学是宋代常见的形制。
文庙在前，学校在后，人们不能从文庙内出入，所以在庙门的一侧另设学门，就布局形式来说，这种形式是最不科学的，出入非常不便。
即孔子庙和学校不在一起，最早见于辽代上京国子监。据《辽史·地理志》说，龙寺街“西南国子监，监北孔予庙”，由于两者都是独立的单位，可知是庙学分离式布局。
庙学分离是非常罕见的布局方式，目前仅见到甘肃凉州府学一例。文庙位于城内东南角，前临城墙，东为文昌宫，西为贡院，而府学却在文庙的西北，东门内大街的路北，南北间隔一个街区，东西也隔着一条大街。
布局形式当然也有个别特殊情况，但只能算是这四种布局形式的变形而不能称作新的布局形式。云南省建水一庙两学，文庙在中，左为临安府学，右为建水县学，表面看好像是中庙侧学，实际上是两学借用一座文庙，临安府学是右庙左学，建水县学是左庙右学。甘肃庆阳孔子庙在右，学校在左，一庙两学，县学在前，府学在后，仍属于右庙左学。有的学校为追求对称，于文庙一侧建设明伦堂，另一侧建设训导署（宅）或教谕署（宅），或于文庙后建设明伦堂，于文庙两侧分别建设教谕署（宅）和训导署（宅），这几种形式都不能称作中庙侧学，因为学校主体是明伦堂，应该以明伦堂和文庙的位置关系来确定庙学的布局形式。如江苏沭阳县学，文庙居中，后为明伦堂，东西分别是教谕署和训导署，明伦堂在庙后，还是属于前庙后学式。同样的例子还有山西平遥县学，前为文庙，后为学校，东西两侧分别为教谕和训导的衙宅，有的人称之为一庙三学，也有的人称之为东学宫、西学宫，都是不正确的，平遥县学仍然属于前庙后学的布局形式。有的学校中间为文庙，左侧或右侧为校舍，而对应的一侧建有书院或文昌祠，如浙江永嘉县学明正德年间右为书院，中为文庙，左为校舍，到清光绪年间西侧的书院改成了文昌宫，因为书院和文昌宫不是学校法定的组成部分，还仍属于右庙左学。
虽然从北齐始国家就令地方学校建设孔庙，历代也不断下令建设维修孔子庙，但是对于孔庙的建筑形制却一直没有明文规定，但形制大同小异。
万仞宫墙：文庙最前面的主体建筑，起照壁、屏风的作用，正面镌刻万仞宫墙，或宫墙万仞，或宫墙数仞，此语出《论语·子张》：“叔孙武叔语大夫于朝，曰：‘子贡贤于仲尼。’子服景伯以告子贡。子贡曰：‘譬之宫墙，赐之墙也及肩，窥见室家之好。夫子之墙数仞，不得其门而入，不见宗庙之美、百官之富。得其门者或寡矣。’”
棂（灵）星门：古代重要的祭祀性建筑，棂星即天田星，是天帝座前三星，宋时因“王者居象之，故以名门”。棂星门使用等级规格只限于高等级祭祀性的建筑。
泮池：又称泮水，是地方官学标志。由于古代帝王立学名“辟雍”，四周环水，中央建堂，俯瞰如玉璧。诸侯所设学校在等级上低于皇帝，因此只能以半水环之，故称“泮水”。泮池一般为半圆形，壁为石砌。或位于棂星门前面，或位于棂星门后面。池边及桥上均施望柱、栏板，栏板一般为整石，不施雕刻。
大成门（戟门）：《孟子·万章》：“孔子之谓集大成。集大成也者，金声而玉振之也，金声也者，始条理也。玉振之也者，终条理也。”大成门由正门与侧门构成，平时侧门开启，正门只有在祭祀孔子的时候才开启。宋太祖建隆三年（962），诏庙门立戟十六，用正一品礼。徽宗大观四年（1110）又增加到二十四戟。这种戟是一种礼仪器，木制，无刃，在门庭设专架二列，列戟的多少与官职的高低相关，因此大成门又称戟门。大成门左右设更衣所，陈列所或斋宿所或祭器库、礼器库等附属建筑，建筑体量要低于大成门。
大成殿：大成殿是孔子的享殿，也是文庙建筑群最重要的建筑。殿前有月台，与大成殿形成“凸”字形布局。拜台是举行祭孔仪式的主要场所。大成殿之名始于宋，明嘉靖以来殿内正中供孔子塑像，两侧为四配、十二哲的塑像。
东、西庑：位于大成殿与大成门之间的两侧，是附祭孔子的弟子及历代名贤大儒之所。在位置的设置上，南端为名贤大儒，北端为孔子弟子。
崇圣祠：又称启圣宫、启圣殿、启圣祠，是文庙建筑群最后一进院落中的主体建筑。崇圣祠是传道同时注重孝道的产物，为祭祀孔子先祖五世的场所。
此外，有的文庙在崇圣祠后还有尊经阁或敬一亭。但两者均为单体建筑，不形成院落。尊经阁与敬一亭因其功能一般附于学中，但也有附于庙者，较少。
许多文庙在庙前建造了牌坊或牌楼，有的还在庙前道路上建造了跨路的牌坊或牌楼，在庙中建造了文昌祠、文昌阁和魁星阁，这都不是礼制所要求的。有的文庙建造了忠义祠、孝弟祠和节孝祠，虽然这些建筑是清雍正皇帝下令增加的，但不应该建造在文庙内，一般都是建造在学校内，有的干脆建造在学校外。
孔子主张礼治，受孔子思想的影响，中国历代王朝都制定了一整套的礼仪制度，其中也包括祠庙的建筑制度。虽然国家没有为文庙制定专门的制度，但是奉祀孔子的文庙作为列入国家祀典的庙宇，不论建筑的开间、屋顶的形式、斗拱的踩数、屋瓦的颜色质地、彩画的颜色图案、建筑的高低大小等无不受到礼制规定的约束。
清末以前，除个别阶段外，文庙祭祀在大多的时间里都是国家祀典中的中祀级别。按照中祀的规定，主要建筑可用绿色琉璃瓦，正殿可面阔七间，重檐歇山顶，斗拱七踩，旋子点金彩画。清光绪三十二年（1906）文庙祭祀升为大祀，成为和天地宗庙一样享受最高祭祀规格的祠庙。按照礼制规定，文庙应使用黄色琉璃瓦，大成殿应该九楹三阶五陛，即面阔9间，进深5间，殿前露台三层围栏，正面设置三座台阶，东西两侧各设一座台阶，台级三层，每层九级踏步，建筑重檐庑殿顶，斗拱九踩，金龙和玺彩画。但是文庙祀典升为大祀正是清王朝风雨飘摇之时，国家根本没有财力进行改造。曲阜孔子庙的改造曾被朝廷提上议事日程，最后廷议以财力不足、建筑大材难得、改造后坚固恐不如前而作罢。京师国子监文庙虽然进行了改造，也只不过将大成殿改成面阔九间、进深五间，庑殿顶，阶陛等都没有进行相应的改造。虽然许多文庙将正殿、正门改换了黄色琉璃瓦，但建筑并没有改造，大部分文庙仍保持了中祀的规模，即使在文庙升为大祀后新建的吉林文庙和哈尔滨文庙正殿都是面阔11间，进深5间，重檐庑殿顶，黄色琉璃瓦，具有了大祀的因素，但阶陛等仍然不合礼制，所以全国并没有一座完全按照大祀礼制建造的孔子庙。
由于各地文庙修建年代不一，地方工匠水平高低不同，地方建筑做法不同，囿于地形、财力等方面的限制，文庙建筑呈现丰富多彩的样式。
大成殿建筑有3间、5间、7间、9间、11间的不同，有单檐、重檐的不同，大多是宫殿式，也有个别是楼阁式，瓦有琉璃瓦、布瓦的不同，瓦色有黄色、绿色、灰色的不同，屋顶形式有庑殿顶、歇山顶、悬山顶、硬山顶的不同，有的有斗拱，有的无斗拱，斗拱有一斗二升、三踩、五踩、七踩、九踩的不同，有的有彩画，有的无彩画，彩画又有雅五墨、旋子、旋子小点金、旋子大点金、金龙和玺等不同。
崇圣祠礼制一般比大成殿要低，可以5间单檐，绿瓦庑殿顶。
按照中祀礼制，大成门可以五间歇山顶，绿瓦，升为大祀后可以庑殿顶，黄瓦，但大多文庙为3间单檐，个别为5间，唯南京江宁府学文庙为5间重檐，台阶大多单陛，唯国子监文庙大成门5间庑殿顶，单翘重昂七踩斗拱，三陛，是等级最高的大成门，但外檐彩画金线大点金、斗拱墨线，仍没有达到大祀的规格。
其他建筑没有礼制规定，所以棂星门有单间3座、3间和5间的不同，有牌坊式、牌楼式和门屋式的不同，单间3座是宋代的形制，从元代才出现3间1座的形式；侧门有牌坊式、牌楼式和门屋式诸种形式；两庑有3间、5间、6间、7间、9间、11间、12间、13间、15间、17间、19间的不同，有歇山顶、悬山顶和硬山顶的不同，瓦色有绿瓦黄瓦剪边、绿瓦、灰瓦绿瓦剪边、灰瓦等不同，大多没有斗拱。
建筑风格也有北方和南方的不同。总地来看，黄河流域及以北地区文庙基本是官式建筑，装饰较少，建筑雄浑，风格端庄，黄河流域以南建筑多采用地方作法，多加装饰，飞檐上翘，建筑灵动飘逸。这只是就建筑风格的大致划分，即使是北方建筑也有差异，标准官式建筑正脊不加装饰，山西、陕西、河北正脊喜用雕花，南方建筑中，江苏、浙江、上海、闽北、皖北、四川、贵州、云南、湖南、湖北、广西、广东、海南建筑风格相近，闽南、台湾风格相似，皖南、湖南、广西多用封火墙，广东、闽南、台湾、四川等地喜加装饰，而且多用灰塑。
历代对孔庙的建筑制度缺乏统一的规定，但奉祀制度却是详细而统一。孔庙奉祀人物都是国家统一规定的，所以各地文庙的奉祀人物是相同的。
孔庙奉祀的人物很多，可以分成主祀、配祀和崇圣祠奉祀三大类。主祀只有孔子一人，配祀有许多孔子弟子和历代儒家学派的代表人物。配祀人物又根据与孔子的关系远近和对儒学的贡献大小不同分成配享、配祀、从享和从祀四类，在具体的名称上又称为四配、十二哲、先贤和先儒。
文庙主祀孔子，以颜子、曾子、子思和孟子配享，以闵损等十二哲配祀。以上17人供奉在大成殿内，孔子面向庙门，四配在孔子前左右相对，颜子、子思在左，曾子、孟子在右，十二哲在四配后面，也是左右相对，闵损、冉雍、端木赐、仲由、卜商、有若6人在左，冉耕、宰予、冉求、言偃、颛孙师、朱熹6人在右，一般紧靠大成殿两山墙。早期孔子和配享、配祀圣贤都是塑像，明嘉靖九年改为牌位。近年许多文庙大成殿内全部改为塑像，但有的将四配与孔子一样面向庙门，虽然退后了一些，但也是不符合礼制的，弟子什么时候都不能与老师同向而坐。
先贤本来是指古代的贤人，因为古代将先贤祭祀在学校内，“祀先贤于西学，所以教诸侯之德也”（《礼记·祭仪》），所以先贤也就成为孔庙奉祀人物的名称之一，后来成为孔子庙配祀人物第三等的名称。先贤从唐代开始设置，经过历代改换增加，到清末增加到79人，其中左庑供奉40人，右庑供奉39人。他们是：
左庑：东周公孙侨（1857年从祀）、林放（739年从祀，1530年罢祀，1724年复祀）、原宪（739年从祀，以下凡不书从祀时间者均为是年从祀）、南宫适、商瞿、漆雕开、司马耕、梁鱣、冉孺、伯虔、冉季、漆雕徒父、漆雕哆、公西赤、任不齐、公良孺、公肩定、鄥单、罕父黑、荣旂、左人郢、郑国、原亢、廉絮、叔仲会、公西舆如、邽巽、陈亢、步叔乘、琴牢、秦非、颜哙、颜何（1530年罢祀，1724年复祀）、县直（1724年从祀）、牧皮（同前）、乐正克（同前）、万章（同前），宋代周敦颐（1241年南宋从祀、1313年元朝从祀，均为先儒，1642年升为先贤）、程颢（同前）、邵雍（1267年从祀为先儒，1642年升为先贤）；
右庑：东周蘧瑗（1530年罢祀、1724年复祀）、澹台灭明、宓不齐、公冶长、公皙哀、高柴、樊须、商泽、巫马施、颜辛、曹卹、公孙龙、秦商、颜高、壤驷赤、石作蜀、公夏首、后处、奚容蒧、颜之仆、施之常、申枨、左丘明（647年从祀为先儒，1642年因孔子弟子升为先贤）、秦冉（1530年罢祀，1724年复祀）、公明仪（1853年从祀）、公都子（1724年从祀）、公孙丑（同前）、宋代张载（1241年南宋从祀，1313年元朝从祀，均为先儒，1642年升为先贤）、程颐（同前）。
先儒本来泛指古代的儒者，后来又专指因阐发儒学而被从祀在孔子庙的著名人物，是孔子庙配祀的第四等。从唐代确定从祀以来，经历代改换增加，到1919年增加的77人。他们是：
左庑奉祀39人：东周公羊高（647年从祀）、汉代伏胜（同前）、毛亨（1863年从祀）、孔安国（647年从祀）、毛苌（同前）、杜子春（同前）、郑康成（647年从祀，1530年改祀于乡贤祠，1724年复祀）、蜀汉诸葛亮（1724年从祀）、隋代王通（1530年从祀）、唐代韩愈（1084年从祀）、宋代胡瑗（1530年从祀）、韩琦（1852年从祀）、杨时（1495年从祀）、谢良佐（1849年从祀）、尹焞（1724年从祀）、胡安国（1437年从祀）、李侗（1619年从祀）、吕祖谦（1261年南宋从祀，1313年元朝从祀）、袁燮（1868年从祀）、黄幹（1724年从祀）、辅广（1877年从祀）、何基（1724年从祀）、文天祥（1843年从祀）、王柏（1724年从祀）、元代刘因（1910年从祀）、陈澔（1724年从祀）、明代方孝孺（1863年从祀）、薛瑄（1571年从祀）、胡居仁（1584年从祀）、罗钦顺（1724年从祀）、吕柟（1863年从祀）、刘宗周（1822年从祀）、孙奇逢（1827年从祀）、清代黄宗羲（1908年从祀）、张履祥（1871年从祀）、陆陇其（1724年从祀）、张伯行（1878年从祀）、汤斌（1823年从祀）、颜元（1919年从祀）。
右庑奉祀38人：东周榖粱赤（647年从祀）、汉代高堂生（同前）、董仲舒（1330年从祀）、刘德（1877年从祀）、后苍（1530年从祀）、许慎（1875年从祀）、赵歧（1910年从祀）、晋代范宁（647年从祀，1530年改祀乡贤祠，1724年复祀）、唐代陆贽（1826年从祀）、宋代范仲淹（1715年从祀）、欧阳修（1530年从祀）、司马光（1267年南宋从祀，1313年元代从祀）、游酢（1892年从祀）、吕大临（1895年从祀）、罗从彦（1619年从祀）、李纲（1851年从祀）、张栻（1261年南宋从祀，1313年元代从祀）、陆九渊（1530年从祀）、陈淳（1724年从祀）、真德秀（1437年从祀）、蔡沉（同前）、魏了翁（1724年从祀）、陆秀夫（1859年从祀）、元代赵复（同前）、金履祥（同前）、许衡（1313年从祀）、吴澄（1435年从祀，1530年罢祀，1737年复祀）、许谦（1724年从祀）、明代曹端（1860年从祀）、陈献章（1584年从祀）、蔡清（1724年从祀）、王守仁（1584年从祀）、吕坤（1826年从祀）、黄道周（1825年从祀）、清代王夫之（1908年从祀）、陆世仪（1875年从祀）、顾炎武（1908年从祀）、李塨（1919年从祀）。
先贤先儒都供奉在两庑内，先贤在两庑内靠近大成殿一端，先儒接着先贤之后。先贤先儒早期也有用塑像者，明嘉靖九年规定一律改为木主（牌位），只有极个别文庙还保存着塑像，近年济南府学就恢复了两庑的部分塑像。
崇圣祠还奉祀孔子五代先人，并以6人配享，5人从祀。
唐开元二十七年（739）以孔子弟子从祀孔庙，同为孔子弟子的颜无繇、颜渊父子和曾蒧、曾参父子都被从祀在孔子庙内，由于颜回位列圣门四科之首，是孔子最好的弟子，在孔子庙的配祀人物中地位最高，位居孔子庙正殿内的十哲之首，曾参也因孝道可崇，奉祀在正殿内，位居十哲之后，二人均塑像坐于堂上，而颜无繇和曾蒧因为事迹、学问均不突出只能画像于两庑墙上。子处父上，子先父食，这是有违礼教的，从宋代开始就不断受到非议。为解决这个问题，嘉靖九年，张璁建议于学校内另建启圣祠奉祀孔子父亲，而以四配等人之父配祀，这个建议被朝廷采纳，于是全国各级学校一律单建启圣祠，主祀孔子父亲叔梁纥，以颜回之父颜无繇、曾参之父曾蒧、子恩之父孔鲤和孟子之父孟孙激配享，以程颢和程颐之父程珦、朱熹之父朱松、蔡沉之父蔡元定从祀。明万历二十三年（1595），增加周敦颐之父周辅成从祀。清雍正元年（1723），世宗追封孔子的五代先人为王，于是将启圣祠改称崇圣祠，主祀孔子五代先人，仍以四配之父等配享从祀，雍正二年又增加张载之父张迪从祀。咸丰七年（1857）增加孔子之兄孟皮为配享，位居四配之上，成为五配，光绪二十三年（1897）将孟皮之子孔忠由东庑移祀崇圣祠配享，成为六配。
崇圣祠正面奉祀孔子的五代先人，五代祖肇圣王木金父居中，高祖裕圣王祈父和祖父昌圣王伯夏位于左侧，曾祖诒圣王防叔和父亲启圣王叔梁纥在右侧，五圣王前面左侧奉祀孔孟皮、颜无繇、孔鲤、孔忠，右侧奉祀曾蒧和孟孙激，配享之后靠近两屋山墙处奉祀从祀者，左侧奉祀周辅成、程珦和蔡元定，右侧奉祀张迪和朱松。有的文庙崇圣祠有两庑，从祀的周辅成等人就奉祀在两庑内。崇圣祠的所有奉祀人物均是木主，明代时孔子父亲叔梁纥称启圣公，其他配祀称先贤、先儒某子，清雍正追封孔子五代先人为王后，五王均称王号，配祀人物称号不变。
此外，文庙名宦祠和先贤祠还有附祀人物，名宦祠奉祀在本地任官有善政的官员，先贤祠奉祀有嘉言懿行的本地人士和在外地为官有善政的官员。由于奉祀的都是与本地有关人员，所以各地文庙的附祀人物均不相同。
明嘉靖九年厘正祀典后，各地文庙一律改为牌位，唯独曲阜孔子庙保留塑像，由于孔子的文宣王是周天子的王，所以孔子塑像冕十二旒，服十二章，手执镇圭，四配十二哲低一等，一律冕九旒，服九章，手执躬圭。近年许多文庙恢复塑像，应该按照制度，恢复冕旒坐像，不应该用布衣像或站像。
明洪武二年（1369），太祖朱元璋下令只在曲阜孔子庙举行祭祀孔子的春秋释奠，各级国立学校文庙不必通祀。刑部尚书钱唐上疏劝谏说：“孔子垂教万世，天下共尊其教，故天下得通祀孔子，报本之礼不可废。”刑部侍郎徐程也上疏说：“古今祀典，独社稷、三皇与孔子通祀天下。民非社稷、三皇则无以生，非孔子之道则无以立。尧、舜、禹、汤、文、武、周公皆圣人也，然发挥三纲五常之道，载之于经，仪范百王，师表万世，使世愈降而人极不坠者，孔子力也。孔子以道设教，天下祀之，非祀其人也，祀其道也。今使天下人读其书，由其教，行其道，而不得举其祀，非所以维人心、扶世教也。”（《明史》卷一三九《钱唐等传》）二人的上疏，道出文庙的三大社会功用一崇德、报本、教化。
祭祀孔子的礼制庙宇称作文庙，毫无疑问，孔子就是中国传统思想文化的代表，祭祀孔子，并以历代儒门贤达配祀，就是表示国家推崇儒家思想，正如清世宗所说“帝王之尊圣，尊其道也”，奉祀孔子就是国家要彰显推崇儒家思想并以此显示国家继承弘扬传统思想文化的国家意志。
中国传统认为，最好的报本方式就是祭祀，对人类有贡献者就应该进行祭祀以报答，所以礼制规定要祭祀天地、日月星辰、山川等自然神灵，还要祭祀三皇五帝等历史人物。孔子“功施于民，义昭祀典”（后周宣帝大象二年追封孔子诏书），“道济生民，尊礼不修，孰明褒尚”，“盛德必祀，义存方册”（唐高祖武德二年诏书），要不断进行祭祀以报答。祭祀的最高标准就是血食天下，血食无疆，在中国只有天地和孔子达到这个标准，而天地是自然神灵，真实的历史人物只有孔子一人。祭祀孔子以报本，其实正是为了教育活着的人，“慎终追远，民德归厚矣”，祭祀先人，可以改善民风民俗，提高人们的品德。
文庙的教化主要表现在对人们进行成圣成贤成人的教育。
孔子端坐在神圣的殿堂上，被奉为至圣先师、万世师表，似乎高不可及，其实中国人崇拜圣人，敬仰圣人，并不认为圣人高不可及，而是人人都可以成为圣人，人人都能够成为圣人。孟子赞同“人皆可以至尧舜”（《孟子·告子下》）的观点，每个人都可以成为尧舜一样的圣人；荀子认为精通学问就是圣人，“彼学者，行之，曰士也；敦慕焉，君子也；知之，圣人也。上为圣人，下为士君子，孰禁我哉？”（《荀子·儒效》）成为圣人全在自己；程颐认为“人皆可以至圣人”（《二程遗书》卷二十八《伊川先生语》）；朱熹认为通过学习就可以成为圣人，“为学须思所以超凡入圣，如昨日为乡人，今日便可为圣人”（《白鹿洞书院规训》）。
虽然理论上人人都可以成为圣人，但并非人人都能够成为圣人，历史成为圣人的毕竟太少了。成不了圣人，但可以成为贤人，所以文庙奉祀了十二哲、先贤、先儒等一大批历代贤人，他们有孔子弟子，有有功于阐发儒家经典的经学家，有有功于发展儒家思想的思想家，也有有功于民族的忠臣烈士，任何人不论在何方面只要有重大贡献都可以入祀文庙享受后人的祭祀。
成圣人难，成贤人也不易！文庙奉祀的贤人也不过170多人。成不了贤人也没关系，可以成为成人，附祀在文庙内。出仕做官爱国惠民，勤政廉政，造福一方，可以奉祀在任职地的名宦祠内，还可以奉祀在家乡的乡贤祠内，没有出仕做官也没关系，在乡为民遵纪守法，多行善举，赈济灾民，修桥补路，死后可以奉祀在乡贤祠内，任何人只要有存心向善，多善行善举，都可以进入文庙享受后人的祭祀。
正因如此，历代王朝才不断维修孔庙，他们期望通过修建孔庙来提高民众的道德水平。明成祖大修曲阜至圣庙后的御制碑文说“凡观于斯者，有所兴起，致力于圣贤之学，敦其本而去其末”，清圣祖御制曲阜至圣庙碑文也说“凡我臣民，瞻仰宫墙，倍增严翼，尚思敦崇德义，砥砺伦常”，都是希望通过孔子庙教育人民学习儒家思想，加强品德修养。
在大力继承弘扬传统思想文化的今天，我们完全可以从历史中得到启示，更好地发挥孔庙的社会教化作用。