中国孔庙，北有山东曲阜，南有浙江衢州最负盛名，而杭州孔庙由于南宋王朝在当时的临安（杭州）建都，而使其具有特殊的意义。

　　杭州孔庙又称杭州府学，最早建于何时何地，目前尚难定论。但北宋时（1028），杭州地方官在子城通域门外修建孔庙、学舍等却是有史料明确记载。“前知州李咨在任日，重修宣圣庙，建置学舍数十厦”（《武林坊巷志》第一册）。考李咨知杭州，在北宋天圣六年（1028年）。据南宋《淳祐临安志》载：“府学，至圣文宣王庙，旧在府城南子城通越门外，有稽古阁，奉安御书，宣和中，本路廉访使降御书殿榜曰“大成之殿，旧有六经斋十二”。子城，五代时建，有南北两门，南门即通域门，也就在今馒头山货运仓库一带。杭州作为州治始于隋，繁荣于唐。唐贞观年，杭州已跃为东南名郡。然学校之设，自汉武始，六朝则时兴时废，唐武德中，州县及乡皆置学，因此，杭州府学至迟也应营建于“贞观之治”的年代，迄今约1300多年历史。以后府学虽屡经兴废、迁徙，“建炎以来，迁徙不常”（宋乾道《临安志》卷二《学校》）。但终至南宋绍兴元年（1131）迁至运司河下凌家桥东，原慧安寺旧址，即今劳动路杭州碑林。

　　其时杭州被擢升为南宋皇朝首府，而当时太学、武学、宗学等“国学”尚未设立，在这种特殊的情况下，杭州府学更显得与众不同。由于杭州府学的特殊地位和影响，使它在南宋绍兴十二年（1142）走向了辉煌的顶端，它被临时增修为全国最高的学府一一太学（宋乾道《临安志》卷二《学校》）。绍兴二十六年（1156）宋高宗御笔为北宋大画家李公麟所绘的孔子及其七十二弟子像题赞，刊之刻石，并将刻本赐予杭州府学，使杭州府学地位盛隆，非他学可比，为四方观仰，有“京学”（元《杨翮重修杭州路庙学砷》）之称。

　　南宋嘉定九年（1216）教授袁肃、黄灏因府学地势低洼，道路狭小，报请于朝，拓而大之。朝廷准奏，对杭州府学进行拓地扩建，府学形制初具规模。以大成殿为中轴线向南、东、西三个方向扩建，竖戟门、棂星门、筑廊庑，建厅堂，立祠架阁，让人耳目一新。淳祐年间，为显皇恩及对教育的重视，宋理宗御书“大成殿”、“养源堂”2匾及御制《道统十三赞》刻石，地方官借皇恩御赐又重修扩建了府学，且继增学廪，养弟子二百人（《武林坊巷志》第一册）。据南宋吴自牧《梦粱录》载，孔庙内建有十斋，匾曰：“进德、兴能、登俊、宾贤、持正、崇礼、致道、尚志、率性、养心”。题匾则文丞相天祥、陈参政文龙诸名家书之。

　　宋亡，入元后，元至正二年（1342）孔庙庙垣外民居失火殃及大殿，毀及学斋。至正六年（1346）由行路总管赵琏、教授谢池重建。至正十二年徐寿辉起义军攻入杭州，庙学俱毀。由杭州路总管康里铁木列思，征购府学前礼佛寺基，自府学棂星门向南扩地八丈修建府学（元《杭州路重建庙学碑》）。至正二十一年冬（1361）孔庙又遭火灾，学宫、斋舍罄为焦土。至正二十二年（1362），又将礼佛寺基南北200步，东西160步全部买下，重新修建杭州府学。

　　明永乐十七年（1419），居民不戒于火，孔庙荡熄殆尽，所存者仅戟门。至明宣德三年（1428）巡抚熊概集资重建。庙在学之左，中为大成殿7间，翼以东西两庑，计42间，外为戟门5间，旁连又各为3间，门之前左右碑亭各3间，又外为应门。门之东西为致斋所各7间，东西相向。又外为棂星门，棂星内为泮池，上跨石梁，三殿后为杏坛，后徙建棂星前路之南。神器库、雅乐库在学仪门之西。神橱、宰牲房俱在教授厅后。学在庙殿之右。明伦堂官署，正厅5间，即宋养源堂，东西为庑各13间，为四斋：曰志道、曰据德、曰时习、曰日新。前为仪门三间，又前中门，又前外门。堂后穿堂3间，后为崇文阁，宋赐匾“稽古阁”，元更“崇文”。馔堂在崇文阁东，庾廪、教授廨宇、庖湢在学东。诸生号房初皆绕庙学旁隙构屋以居，正统初按察使轩鲵始于学西创置50余间，俾之聚处相亲，讲习相观，出入有常，四方以为式焉。架阁库在教授厅后（《武林坊巷志》第一册）。

　　明弘治年间，巡按御史吴一贯巡视杭州府学后，觉得府学前的路不够通畅，遂下令搬迁民居，扩地东西10丈，近3000平方米，至此杭州府学的规模已基本定局。在以后的年代里除内部整修或增减建筑外，外围再无甚大变化。其范围大致相当于今天的东临劳动路，西至中国美院部分地块，北至涌金饭店部分地块，南到青平里一带，其面积约40000多平方米。

　　明正德十三年（1518），原仁和县学所藏南宋太学石经，宋高宗御题圣贤图赞画像刻石以及宋理宗道统十三赞等南宋古物移至杭州府学（明田汝成《西湖游览志》卷十五）。由于历代御赐、御制、匾、刻石、经像的不断增多，杭州府学的地位更显突出。

　　清从康熙到宣统，历朝皇帝都为杭州府学颁赐过匾额，尤其是康熙、乾隆皇帝多次南巡，恩流庠序，于浙水人文特加优渥。据史料记载，杭州孔庙较大规模的修建共15次，仅康熙年就修建5次。清乾隆三十六年（1771）还特为南宋太学石经建廊64间以覆护之。清嘉庆七年（1802）孔庙修葺竣工，又铸钟器，琢石磬，造诸礼乐器，还邀请山东曲阜礼乐教习王文哲等来教习佾生，依照吹部、击部、琴瑟部、左右舞部等内容分别进行学习，并于仲秋上丁举行典礼。杭州孔庙历史上最后一次大修是在清光绪十五年（1889），此工程有修有迻有增有裨，所化银钱13000余枚（清《新修杭州府学碑记》），规制完备，殿阁巍峨，春秋释典来观的人无不交口称誉。

　　辛亥革命后，府制被废，而杭州府学仍每年进行祭祀活动。民国十六年南京国民政府下令废止祀孔，但杭州士绅仍自行组织孔圣纪念会并在原杭州府学内继续祭孔。“九•一八”事变后，国民政府规定每年孔子诞辰日由地方政府举办祭典，祭孔活动兴盛不衰。

　　“七•七事变”后，杭州沦陷，府学惨遭劫难。府学内大成殿因楠木结构，汉奸王五权遂起歹心，以整修为名，偷梁换柱，将楠木转售给棺材店以牟取暴利。为掩人耳目，又在原地建造了用料较差的大成殿，当时曾被人戏称为“小成殿”（钟毓龙《说杭州》）。

　　抗日战争胜利后，浙江省政府成立孔庙整理委员会，并集中原府学内所有的古碑加以保存。1947年2月27日，杭州孔庙举行了抗战胜利后第一次有数百人参加的祭孔大典。

　　新中国成立后，杭州府学（孔庙）旧址陆续被单位、居民所用，“文化大革命”期间，孔庙仅遗存大成殿一座建筑。

　　当中国进入改革开放，全面推进社会主义现代化建设时期，杭州孔庙这座古老的殿宇迎来了新的转机。20世纪70年代，省市政府决定拆迁部分占用的居民房，全面整修、利用孔庙收藏的大批古碑和历年来收集的各地佚散和发现的碑石，把原杭州府学建成杭州碑林，以保存反映杭州悠久的历史和灿烂的文化。

　　杭州碑林于1989年完成一期工程并对外开放，建筑总面积1500多平方米。除完成大成殿整修外，还新建了法帖廊、史实廊、御碑廊、碑亭、天文星象馆等。珍藏唐至清代各类碑刻600余石，内容包括：帝王御笔、地方史料、名家法帖、人物画像、水利图刻、天文星象及儒学、宗教、墓志等。

　　在林林总总的各类碑石中，有些是闻名海内外的碑刻精品，例如《五代石刻星象图》、《南宋太学石经》、贯休《十六罗汉像刻石》、《孔子及其七十二弟子像刻石》等，其中杭州孔庙内的《南宋太学石经》，早在1961年即被列为首批浙江省重点保护文物。南宋石经是由宋高宗皇帝和皇后吴氏用楷书写成的。现存石经有《周易》、《尚书》、《毛诗》、《中庸》、《春秋》、《论语》、《孟子》7种，共85块，这足以领略到南宋太学的规模庞大和教育的腾达。这是中国现存众多石经中唯一由皇帝御笔亲书的石经。

　　为了使杭州这座美丽的城市展示其原有的文化魅力，为了更好地保护好祖先留给我们的珍贵文化遗产，并使其发扬光大，自20世纪末，杭州碑林（孔庙）扩建工程就被列入市委、市政府议事日程。

　　扩建中的杭州碑林（孔庙），将拆迁周边居民303户，扩建面积近9000平方米，项目总投资预计1亿元，并由市政府出资。这是目前杭州市拆迁量最大、投资最多的文物单体保护复建工程。

　　按照扩建碑林（孔庙）的设计方案，其指导思想是“继承传统，体现地方特色”，以孔庙建筑与碑林文物的保护、展示为主题。扩建规划中不是简单地局限于孔庙规划的本身，而是根据孔庙所处特定的地理位置，把它有机地归入整个西湖风景区的规划之中，依据传统格局、历史脉络及文物内涵，主要把碑林（孔庙）分为两大区块。其一，西部将强调孔庙主轴线，突出大成殿的中心位置，恢复和完善棂星门、泮池、戟门及东西两面的亭、庑、廊等建筑；其二，东部为碑石展示区，修筑一个以原孔庙建筑内容与亭台楼阁、奇石流水融为一体的江南园林式的碑林区，让人置身在山水间欣赏古典文化。